Molecular characterization of human T-cell lymphotropic virus coinfecting human immunodeficiency virus 1 infected patients in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The present work evaluated the epidemiology of human immunodeficiency virus 1/human T-cell lymphotropic virus (HIV-1/HTLV) coinfection in patients living in Belém (state of Pará) and Macapá (state of Amapá), two cities located in the Amazon region of Brazil. A total of 169 blood samples were collected. The sera were tested by enzyme-linked immunosorbent assay to determine the presence of antibodies anti-HTLV-1/2. Confirmation of infection and discrimination of HTLV types and subtypes was performed using a nested polymerase chain reaction targeting the pX and 5' LTR regions, followed by restriction fragment length polymorphism and sequencing analysis. The presence of anti-HTLV1/2 was detected in six patients from Belém. The amplification of the pX region followed by RFLP analysis, demonstrated the presence of HTLV-1 and HTLV-2 infections among two and four patients, respectively. Sequencing HTLV-1 5' LTR indicated that the virus is a member of the Cosmopolitan Group, Transcontinental subgroup. HTLV-2 strains isolated revealed a molecular profile of subtype HTLV-2c. These results are a reflex of the epidemiological features of HIV-1/HTLV-1/2 coinfection in the North region of Brazil, which is distinct from other Brazilian regions, as reported by previous studies.

Caracterização molecular do HTLV-1/2 em doadores de sangue em Belém, Estado do Pará: primeira descrição do subtipo HTLV-2b na região Amazônica

Este trabalho objetivou a caracterização molecular do vírus linfotrópico de células T humanas infectando doadores de sangue atendidos na Fundação Centro de Hemoterapia e Hematologia do Pará. Amostras de DNA de 79 indivíduos soropositivos para o vírus linfotrópico de células T humanas foram analisadas por meio da reação em cadeia da polimerase para as regiões genômicas pX, env e 5'LTR, de polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição e do seqüenciamento da região 5LTR, com posterior análise filogenética, definindo o tipo e o subtipo do HTLV circulante na população estudada. Observou-se uma maior prevalência de HTLV-1 (71%) em relação ao HTLV-2 (29%). As amostras de HTLV-1 sequenciadas foram classificadas como pertencentes ao subtipo Cosmopolita, subgrupo Transcontinental, sendo as de HTLV-2 identificadas como HTLV-2c. A análise de polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição da região env e do sequenciamento da região 5'LTR, identificou, pela primeira vez na Amazônia Brasileira, uma amostra de HTLV-2b, enfatizando a necessidade de estudos moleculares contínuos na região para melhor entendimento da epidemiologia de transmissão do HTLV na população e permitir a vigilância epidemiológica da emergência de novos tipos e subtipos.

Caracterização molecular do Htlv-1 em pacientes com paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV-1 em Belém, Pará

O presente estudo avaliou a ocorrência da infecção pelo HTLV-1 e seus subtipos em amostras de sangue de pacientes com diagnóstico clínico de paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao Htlv-1. A detecção da infecção pelo HTLV realizou-se através de testes sorológico e molecular. Cinco amostras estavam infectadas pelo HTLV-1 do subtipo Cosmopolita, subgrupo Transcontinental. Os resultados obtidos confirmam a ocorrência de infecção pelo HTLV-1 em pacientes com diagnóstico clínico de paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao Htlv-1em Belém, Pará.

Epidemiologia molecular das infecções por rotavírus G2 ao longo de 16 anos (1992 a 2008) na região amazônica, Brasil

No Brasil, estima-se que os rotavírus causem 3.352.053 episódios de diarreia, 655.853 ambulatoriais, 92.453 hospitalizações e 850 mortes envolvendo crianças menores de 5 anos de idade. Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. A partícula viral é constituída por três camadas proteicas concêntricas e pelo genoma viral reunindo 11 segmentos de RNA com dupla fita. Reconhecem-se 23 genótipos G e 31 genótipos P. Dentre os genótipos G detectados até o momento, o G2 atua como um dos mais importantes, estando geralmente associado ao genótipo P[4]. Nos últimos três anos se tem observado em larga escala global a reemergência do genótipo G2, sendo um dos mais detectados nos anos que sucederam a implantação da vacina contra rotavírus, particularmente no Brasil. Este estudo teve como objetivo a caracterização molecular de amostras do tipo G2 obtidas de crianças participantes de estudos em gastroenterites virais na região amazônica, Brasil, no período de 1992 a 2008. Foram selecionadas 53 amostras positivas para rotavírus genótipo G2 que foram sequenciadas para VP7 e 38 para VP4. Inicialmente, as amostras foram genotipadas por RT-PCR e seus produtos purificados, quantificados e sequenciados. As amostras também foram testadas quanto ao perfil de migração dos segmentos de RNA. As sequências obtidas dos genes VP4 e VP7 foram alinhadas e editadas no programa Bioedit (v.6.05) e comparadas a outras sequências de RV registradas no banco de genes utilizando o programa BLAST. A árvore filogenética foi feita utilizando o programa Mega 2.1. Do total de 53 amostras sequenciadas para o gene VP7, a análise filogenética revelou a existência de duas linhagens (II e III) e três sublinhagens (IIa, IIc, IId) que circularam em períodos diferentes na população. Amostras das sub-linhagem IIa e IIc apresentaram mutação na posição no aminoácido da posição 96 (Asp/ Asn) . Essa modificação pode resultar em uma alteração conformacional dos epítopos reconhecidos por anticorpos neutralizantes. As linhagens de G2 que circularam em Belém foram idênticas àquelas de outros Estados da região amazônica envolvidos no estudo. O gene VP[4] foi sequenciado na região da VP8*, sendo 36 pertencentes do genótipo P[4] e 3 ao P[6]. No genótipo P[4] foi identificada a circulação de duas linhagens, P[4]-4 ocorrendo nos anos de 1998-2000, e P[4]-5 que circulou nos períodos de 1993-1994 e 2006-2008. Nossos resultados reforçam dados de ocorrência continental que evidenciam a reemergência do genótipo G2 com a variante gênica IIc, a qual se estabeleceu na população em associação com o genótipo P[4]-5. A grande homologia entre as cepas de G2 que circularam entre os diferentes estados envolvidos no estudo sugere que as mutações registradas ultrapassaram barreiras geográficas e temporais.

Caracterização molecular e relação filogenética do genoma completo dos arbovírus Bussuquara, Iguape, Ilhéus e Rocio (Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus)

Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU.

Caracterização molecular de cepas do Vírus dengue 1 isoladas no Brasil entre os anos de 1994 a 2008

A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil.

Caracterização molecular e imunológica da infecção pelo Vírus linfotrópico de células T humanas

O presente estudo teve como objetivos efetuar a caracterização molecular e imunológica da infecção pelo HTLV em 42 portadores assintomáticos da infecção pelo HTLV; e 19 portadores com sintomas neurológicos associados à infecção (16 com PET/MAH e outros três com neuropatia periférica). Outro grupo de 100 indivíduos soronegativos para HTLV procedentes de Belém-PA também foi analisado. As amostras de sangue foram processadas para realização da sorologia para HTLV, para contagem de linfócitos T CD4+ e T CD8+ (incluindo os soronegativos), para as técnicas de quantificação da carga proviral do HTLV e caracterização dos tipos e subtipos de HTLV circulantes nos infectados. Entre os 42 assintomáticos, foi positiva para o HTLV-1 35 amostras (83.3%), e para o HTLV-2 07 amostras (16.7%) (p < 0.0001). Entre os 19 sintomáticos, foi positiva para o HTLV-1 18 amostras (94.7%), e para o HTLV-2 01 amostra (5.3%) (p = 0.0002), onde as 16 amostras que tiveram diagnóstico de PET/MAH foram positivas HTLV-1. As análises filogenéticas das regiões 5’LTR agruparam 34 amostras (60%) de HTLV-1 no Subgrupo Transcontinental do Subtipo Cosmopolita; e 05 amostras (72.2%) de HTLV-2, no subtipo HTLV-2c. As médias de distribuição dos níveis de linfócitos T CD4+ e T CD8+ foi maior entre os sintomáticos, porém não havendo diferenças significantes quando comparados com os assintomáticos e controles soronegativos. Foi observada uma maior média de carga proviral entre os portadores sintomáticos quando comparados aos assintomáticos (p = 0.0123). Os resultados obtidos confirmam a ocorrência de PET/MAH associada à infecção pelo HTLV-1 na região de Belém-PA. A predominância do subtipo A de HTLV-1 corrobora outros resultados que demonstram a presença deste subtipo como o mais prevalente em áreas urbanas do Brasil, assim como a predominância de HTLV-2c entre as infectadas pelo HTLV-2 confirma a maior frequência deste subtipo na Amazônia brasileira, ressaltando que dentre as amostras de HTLV-2 está a de um paciente sintomático (neuropatia periférica). A maior média de carga proviral entre sintomáticos corrobora resultados de achados que associam esta variável ao desenvolvimento de PET/MAH entre os infectados pelo HTLV. Sendo assim, estes resultados indicam ainda a necessidade do monitoramento da descrição de casos de infecção pelo HTLV com diagnóstico clínicolaboratorial adequado.

Caracterização molecular do vírus Melao cepas BE AR 633512 e BE AR 8033 (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) e infecção experimental em hamsters dourados (Mesocricetus auratus)

As cepas do Virus Melao (VMEL), BE AR 8033 e BE AR 633512 foram isoladas de mosquitos Ochlerotatus (Ochlerotatus) scapularis, em Belém- PA (1955) e Alta Floresta do Oeste- RO (2000), respectivamente. Este trabalho teve como objetivo caracterizar molecularmente as cepas BE AR 633512 e BE AR 8033 e realizar estudos histopatológicos, bioquímicos e imunológicos comparativos em hamsters dourados (Mesocricetus auratus). Hamsters mostraram suscetibilidade às cepas do VMEL. A viremia em hamsters para BE AR 633512 ocorreu do 3º ao 6º dias pós-infecção (dpi.), e para a cepa BE AR 8033 ocorreu no 2º dpi. Anticorpos neutralizantes para ambas as cepas foram detectados a partir de 5 dpi., e se mantiveram até 30 dpi. As cepas testadas alteraram os marcadores bioquímicos AST, ALT e uréia, enquanto que a creatinina só apresentou alteração estatisticamente significante nos animais infectados com a cepa viral BE AR 633512, em comparação aos animais controles não infectados. Alterações histopatológicas foram observadas no SNC, fígado, rim e baço dos hamsters infectados pelas cepas do VMEL, sendo a infecção nesses órgãos confirmada por imunohistoquímica. A cepa BE AR 633512 foi mais virulenta e patogênica para hamsters que a cepa BE AR 8033. A análise genética dos genes N, Gn e Gc revelou que para os genes N e Gn, a cepa BE AR 8033 e do protótipo VMEL (TRVL 9375) são mais geneticamente relacionados. Para o gene Gc, a cepa BE AR 8033 é mais relacionada com a cepa BE AR 633512, sendo que esta última cepa apresentou maior variabilidade genética, principalmente no gene Gn com várias substituições de aminoácidos, mas as mutações no gene Gc provavelmente foram responsáveis pelo aumento da virulência e patogenicidade em hamsters.

Soroprevalência e caracterização molecular do Vírus da imunodeficiência humana (HIV) e do Vírus linfotrópico de células T humanas (HTLV) em mulheres profissionais do sexo do Estado do Pará, Brasil

As mulheres profissionais do sexo (MPS) constituem uma população vulnerável à aquisição de doenças sexualmente transmissíveis (DST) em virtude do tipo de atividade que desempenham. O presente trabalho teve como objetivo descrever a soroprevalência da infecção e a caracterização molecular do HIV e do HTLV de MPS do Estado do Pará, Brasil. Coletou-se amostra de sangue de 339 MPS, sendo 105 provenientes da cidade de Barcarena, 31 da cidade de Augusto Correa, 98 da cidade de Bragança e 105 da cidade de Belém, no período de abril de 2005 a agosto de 2006. Todas as amostras de plasma foram testadas para a presença de anticorpos anti-HTLV-1/2 e anti-HIV-1/2, por meio do uso de um ensaio imunoenzimático. As amostras reativas para o HTLV foram submetidas à confirmação por métodos moleculares, enquanto que as reativas para o HIV foram confirmadas por imunofluorescência indireta. A prevalência do HIV-1 e do HTLV-1 na população estudada foi de 2,3% e 1,76%, respectivamente. A amplificação do gene pro do HIV-1 revelou os subtipos B e F, enquanto que as amostras de HTLV foram classificadas como HTLV-1 do subtipo Cosmopolita do subgrupo Transcontinental. Houve uma associação significativa da infecção pelo HIV-1 com a faixa etária, com o número de parceiros por semana e com o uso inconstante de preservativos. Entretanto, a infecção pelo HTLV-1 só mostrou associação significativa em relação ao uso inconstante de preservativo. A relação sexual foi a mais provável via de aquisição da infecção pelos dois agentes virais, uma vez que o relato de uso de drogas endovenosas foi raro. Sendo assim, as MPS necessitam de maior atenção dos órgãos públicos de saúde quanto à prevenção e monitoramento de agentes transmissíveis por via sexual, uma vez que estas podem ser importantes na aquisição e disseminação destes agentes.

Morphologic characterization of spiked pepper's germplasm

Pimenta-de-macaco é uma espécie que possui propriedades que permitem o desenvolvimento de defensivos agrícolas naturais e medicamentos, apresentando, portanto, grande potencial de uso pela humanidade. Com o objetivo de determinar a variabilidade fenotípica, foram estudadas 41 matrizes amostradas nos Estados do Pará e Amazonas. Utilizou-se análises de componentes principais e critério de Jolliffe para descarte de variáveis, subsidiado pela correlação de Pearson. Foram necessários sete componentes para explicar 80% da variação. O rendimento de óleo essencial e o número de folhas por ramo foram sugeridos para descarte por serem as características que menos contribuíram para a variação total. A dispersão gráfica 3D formou um grupo relativamente homogêneo e contínuo, permitindo identificar um par divergente: PA-020 (Marabá-PA) e PA-035 (Santa Isabel-PA). Concluiu-se que os caracteres analisados possuem variabilidade potencialmente capaz de discriminar as matrizes, com 83,3% de tais caracteres podendo ser utilizados para este objetivo. Os genótipos divergentes, identificados na análise gráfica 3D, podem ser usados em programas de melhoramento para obtenção de genótipos superiores. A comparação com os dados moleculares, previamente existentes, de alguns desses genótipos permite concluir, também, que a caracterização molecular, apesar de apresentar certo grau de concordância com a caracterização morfológica, teve maior poder discriminatório, utilizando um menor número de genótipos e procedências, identificando grupos dissimilares e genótipos divergentes, embora analisado por método estatístico multivariado diferente.

Estudo epidemiológico de agentes virais (HIV, HTLV, VHB e CMV) identificados em adolescentes grávidas atendidas em um centro de referência do Sistema Único de Saúde de Belém, Pará

A prevalência da infecção por agentes virais como o HIV-1, HTLV1/2, VHB e CMV, ainda é pouco conhecida na população de adolescentes grávidas na região norte do Brasil. Este trabalho teve como um dos objetivos descrever esta prevalência das infecções HIV-1, HTLV1/2, VHB e CMV em adolescentes grávidas atendidas em um centro de referência do estado do Pará. Foram coletadas amostras de sangue de 324 gestantes procedentes de vários municípios do estado no período de novembro de 2009 a fevereiro de 2010. As amostras foram submetidas a um ensaio imunoenzimático do tipo ELISA, para a detecção de anticorpos anti-HIV, anti HTLV-1/2, anti-VHB e anti-CMV IgM/IgG. A análise sorológica revelou uma amostra soropositiva para o HIV-1, duas amostras positivas para HTLV1/2, enquanto a maioria das amostras apresentaram anticorpos anti-CMV IgG, embora a ocorrência da infecção aguda tenha sido baixa (2,2%). A prevalência da infecção para VHB em adolescentes gestantes foi de 0,62%, porém numero expressivo (83,3%) de adolescentes estão suscetíveis a infecção pelo VHB, o que sugere que não foram imunizadas. A maioria (63,4%) das adolescentes continuaram estudando mesmo sabendo da gravidez e 34,6% buscaram o pré-natal tardiamente possibilitando um numero mínimo de quatro consultas de pre natal O resultado reforça a hipótese que estas adolescentes grávidas possuem uma prevalência de infecções desses tipos virais, semelhante a taxas nacionais das gestantes de modo geral. A prevalência dos subtipos virais (HTLV-2 e HIV-1 subtipo B) obtidas através da caracterização molecular das amostras soropositivas das gestantes foi concordante com a prevalência dos subtipos da região norte.